На сегодняшний день Башкирский ГАУ является одним из ведущих сельскохозяйственных вузов Российской Федерации.

Образовательный процесс налажен на 47 кафедрах девяти факультетов:

Агрономического,
Биолого-технологического,
Ветеринарной медицины,
Энергетического,
Экономического,
Пищевых технологий,
Механизации сельского хозяйства,
Землеустройства и лесного хозяйства,
Информационных технологий и управления,
Заочного обучения.

В преподавательском составе университета – 131 доктор наук, профессор, 412 кандидатов наук, доцентов. В университете разработаны оригинальные преподавательские методики, подготовлено и издано множество учебников. Современная технологическая база позволяет организовывать процесс обучения на достойно высоком уровне.
Цель, которую ставит перед собой университет – постоянное повышение качества и эффективности профессиональной подготовки, подготовка всесторонне образованных, инициативных и творческих специалистов, которые остро востребованы сегодня в аграрном производстве. При подготовке специалистов университет использует новейшие разработки и достиженияотечественной и зарубежной науки и техники. Задача университета – подготовить специалистов, которые будут конкурентоспособны и востребованы в современном мире.
В распоряжении университета шесть учебно-лабораторных корпусов в Уфе и один в городе Сибае. В последние годы материально-техническая база практического обучения и опытного дела была обновлена.

Для получения практических навыков и проведения опытов у студентов сегодня есть современный машинно-тракторный парк, несколько научных агрономических лабораторий, лаборатория инноваций, учебная пасека и теплицы. Также функционирует коллекционный двор сельскохозяйственных животных и птиц.
Лаборатории при кафедрах также были обновлены. Сегодня проводить научные эксперименты и опыты студенты могут специализированных лабораториях, общем числом около двухсот.
После окончания университета выпускники могут продолжить научно-исследовательскую работу в аспирантуре и докторантуре. Подготовка аспирантов ведется по широкому спектру из 24 специальностей, включая химические науки, биологические науки, сельскохозяйственные, технические, экономические, социологические науки.