Одна из главных задач университета – это стать ведущим отраслевым научным центров, который бы осуществлял фундаментальные и прикладные исследования, а также производил конкурентоспособную научно-техническую продукцию. Для достижения этой задачи в университете разработана и принята стратегия развития науки. В университете функционирует ряд подразделений, которые обеспечивают и ведут научно-исследовательскую работу. Это:

Издательский центр. Занимается изданием учебников, научных работ, учебных пособий, а также выпускает журнал «Вестник ФГОУ ВПО МГАУ».
Лаборатория по оценке качества топлива
Лаборатория технико-экономических исследований в АПК
Научно-исследовательская лаборатория по обеспечению промышленной чистоты топливо-смазочных материалов
Научно-методический центр инновационных образовательных технологий • Отдел по сертификации услуг
Отдел защиты диссертаций
Отдел охраны интеллектуальной собственности
Отдел послевузовского образования (аспирантура, докторантура)

И другие структурные подразделения университета.

Подготовка кадров ведется на следующих факультетах:

Энергетический
Процессы и машины в агробизнесе
Технический сервис в агропромышленном комплексе
Инженерно-педагогический
Инженерно-экономический
Институт непрерывного профессионального образования
Заочного образования

Есть в университете своя военная кафедра.

Аспирантура в университете готовит кадры по 17 научных специализаций восьми научных направлений. Ежегодно обучение в аспирантуре проходят более 150 докторантов и аспирантов. На время учебы им предоставляется общежитие гостиничного типа. В вузе работают 4 диссертационных совета по защите кандидатских и докторских диссертаций.

Помимо основного курса обучения, студенты университета могут также получить дополнительные знания. Для этого в вузе работает учебно-технический центр, где осуществляется подготовка водителей категории «В», учебный центр компьютернойграфики, центр языковой подготовки и др.