Одна из главных задач университета – это стать ведущим отраслевым научным центров, который бы осуществлял фундаментальные и прикладные исследования, а также производил конкурентоспособную научно-техническую продукцию. Для достижения этой задачи в университете разработана и принята стратегия развития науки. В университете функционирует ряд подразделений, которые обеспечивают и ведут научно-исследовательскую работу. Это:
- Издательский центр. Занимается изданием учебников, научных работ, учебных пособий, а также выпускает журнал «Вестник ФГОУ ВПО МГАУ».
- Лаборатория по оценке качества топлива
- Лаборатория технико-экономических исследований в АПК
- Научно-исследовательская лаборатория по обеспечению промышленной чистоты топливо-смазочных материалов
- Научно-методический центр инновационных образовательных технологий • Отдел по сертификации услуг
- Отдел защиты диссертаций
- Отдел охраны интеллектуальной собственности
- Отдел послевузовского образования (аспирантура, докторантура)
И другие структурные подразделения университета.
Подготовка кадров ведется на следующих факультетах:
- Энергетический
- Процессы и машины в агробизнесе
- Технический сервис в агропромышленном комплексе
- Инженерно-педагогический
- Инженерно-экономический
- Институт непрерывного профессионального образования
- Заочного образования
Есть в университете своя военная кафедра.
Аспирантура в университете готовит кадры по 17 научных специализаций восьми научных направлений. Ежегодно обучение в аспирантуре проходят более 150 докторантов и аспирантов. На время учебы им предоставляется общежитие гостиничного типа. В вузе работают 4 диссертационных совета по защите кандидатских и докторских диссертаций.
Помимо основного курса обучения, студенты университета могут также получить дополнительные знания. Для этого в вузе работает учебно-технический центр, где осуществляется подготовка водителей категории «В», учебный центр компьютернойграфики, центр языковой подготовки и др.